Stud.IP Uni Oldenburg
Universität Oldenburg
17.05.2022 13:55:38
bio773 - Sequence based biomonitoring (Vollständige Modulbeschreibung)
Originalfassung Englisch PDF Download
Modulbezeichnung Sequence based biomonitoring
Modulkürzel bio773
Kreditpunkte 12.0 KP
Workload 360 h
Einrichtungsverzeichnis Institut für Biologie und Umweltwissenschaften (IBU)
Verwendbarkeit des Moduls
  • Master Biology (Master) > Background Modules
Zuständige Personen
Nolte, Arne (Modulverantwortung)
Laubinger, Sascha (Modulberatung)
Dennenmoser, Stefan (Modulberatung)
Nolte, Arne (Prüfungsberechtigt)
Laubinger, Sascha (Prüfungsberechtigt)
Dennenmoser, Stefan (Prüfungsberechtigt)
Teilnahmevoraussetzungen
keine
Kompetenzziele
+ vertiefte biologische Fachkenntnisse; ++  vertiefte Kenntnisse biologischer Arbeitstechniken; ++ Fähigkeit zur Datenanalyse; ++ kritisches und analytisches Denken; + eigenständige Recherche und Kenntnisse wissenschaftlicher Primärliteratur; ++ Datenpräsentation und Diskussion in Wort und Schrift (E), ++ Statistik und wissenschaftliches Rechnen
Modulinhalte

Vorlesung: Arten anhand ihrer Erbinformationen zu bestimmen hat sich als Standardmethode etabliert und Datenbanken anhand derer individuelle Sequenzen Arten zugeordnet werden können wachsen durch weltweite "Barcoding of Life" Initiativen. Diese Informationen können genutzt werden um Erbgut welches aus Umweltproben gewonnen wurde Arten zuzuordnen. So können Arteninventare und weitere Informationen über Lebensgemeinschaften gewonnen werden. Da diese Methoden in der Grundlagenforschung zunehmend benutzt werden, ist ihr Einzug in das Biomonitoring für Naturschutz und Umweltplanung zu erwarten. In der Vorlesung werden Konzepte, Methoden, Möglichkeiten und Probleme des Sequenzbasierten Biomonitorings erörtert. 

 

Seminar: Teilnehmer stellen Inhalte des Moduls in selbst ausgearbeiteten Vorträgen dar.

 

Übung: Wir werden Sequenzdaten aus Umweltproben erzeugen um Arteninventare für aquatische und terrestrische Ökosysteme zu erstellen. Dafür werden Labormethoden zur Extraktion von Erbgut aus Organismen und aus Umweltproben (eDNA) benutzt und die im Kurs gewonnen Proben mittels Next Generation Sequenzierung analysiert. Die so gewonnenen Daten werden gemeinsam auf dem HPC cluster analysiert. Die Teilnehmer erarbeiten Hintergünde zu den Analysen und stellen sie in Form von Seminarvorträgen vor. Kern der Analysen ist es, Sequenzen Arten zuzuordnen, die so gewonnen Informationen zu interpretieren und mögliche Anwendungen in Forschung und Management zu erörtern.
Literaturempfehlungen
Links
Unterrichtssprache Englisch
Dauer in Semestern 1 Semester
Angebotsrhythmus Modul jährlich
Aufnahmekapazität Modul 16
Hinweise

verknüpft mit den Modulen: 

empfohlen:

Evolutionary Biology: Gerlach/Albach,

Molecular ecology: Nolte/Gerlach
Modullevel / module level MM (Mastermodul / Master module)
Modulart / typ of module Wahlpflicht / Elective
Lehr-/Lernform / Teaching/Learning method
Vorkenntnisse / Previous knowledge - Evolutionsbiologie
- Lesen von englischer Fachliteratur und die päsentation von Seminarthemen auf Englisch.
- Grundkenntnisse zum Arbeiten in einem Genla-bor und mit dem Computer.
- Kartierung von Arten im Freiland
Lehrveranstaltungsform Kommentar SWS Angebotsrhythmus Workload Präsenz
Vorlesung
1 WiSe 14
Seminar
1 WiSe 14
Übung
6 WiSe 84
Präsenzzeit Modul insgesamt 112 h
Prüfung Prüfungszeiten Prüfungsform
Gesamtmodul
2 Prüfungsleistungen: Präsentation (50 %) und  Portfolio (50 %)